- En primer lugar, ambos utilizan el mismo código base. Así que no hay ninguna diferencia real en esa parte.
Android Studio y el plugin de Android para IntelliJ IDEA están construidos a partir del mismo código, y todos los cambios en Android Studio están, y seguirán estando, disponibles en las versiones de IntelliJ IDEA.
- Android Studio sólo está desarrollado para producir aplicaciones android.
Android Studio está enfocado específicamente en el desarrollo de Android y proporciona un entorno y una configuración de proyecto racionalizados
Pero Intellij IDEA tiene características para producir otras cosas como programas JAVA.
- No se puede confiar realmente en que Android Studio (y es casi 2016) sea completamente estable, ya que todavía tiene algunos errores que son improbables en Intellij Idea.
- Si confía en las características que sólo están disponibles en IntelliJ IDEA Ultimate (como los plugins adicionales de control de versiones), no podrá utilizar Android Studio
Estas características adicionales no estarán disponibles en Android Studio. Deberá seguir utilizando IntelliJ IDEA Ultimate.
ref. - IntelliJ IDEA y Android Studio FAQ