Lo más probable es que no tengas suficiente memoria para la complejidad de tu proyecto. No hace mucho tiempo, apenas podías arreglártelas con 2GB, pero la transición a 1080p y luego a 4K, junto con efectos más complejos y la suposición general de que habrá más memoria disponible, hace que eso sea totalmente imposible ahora. 8 GB es lo mínimo para 1080p, 24 o más y una tarjeta de vídeo decente si quieres que las previsiones no se entrecorten, y necesitarás más de 32 para cualquier edición real en 4K. Afortunadamente, eso no es tan caro como solía ser.
(Otras aplicaciones de Adobe, como Photoshop, también engullen memoria, así que tenlo en cuenta si las ejecutas en paralelo.)
La CPU y la GPU no suelen ser un problema tan grande, ya que AE es muy multihilo, pero será el mismo problema si tienes pocas especificaciones en ellas o tienes contención de alguna otra cosa.
Abre el administrador de tareas, ponlo siempre en la parte superior, y observa lo que hace AE mientras haces tus operaciones. Deberías poder ver el cuello de botella muy pronto.