Actualizar a una nueva versión de iOS desjailbreaks tu dispositivo, por lo que tienes que actualizar, volver a hacer jailbreak, y luego volver a instalar tus paquetes de Cydia (tweaks/temas/etc.) después de actualizar.
Así que tu primer paso es anotar los nombres de todos los paquetes de Cydia que tienes instalados (yendo a Manage → Packages) o utilizar uno de los paquetes disponibles de ayuda a la copia de seguridad -- AptBackup es gratuito y minimalista (graba y posteriormente puede restaurar una lista de tus paquetes instalados) y PkgBackup es de 8 dólares y algo confuso pero más completo (hace una copia de seguridad de tus datos de jailbreak). También está xBackup y algunos otros paquetes que aún no he probado. Yo suelo usar AptBackup.
El siguiente paso es conectar a iTunes, darle a Restaurar, aceptar la copia de seguridad y actualizar a la última versión. Luego hazle el jailbreak de nuevo (estas guías son decentes: http://www.iclarified.com/jailbreak/), ve a Cydia e instala AptBackup (si es lo que usaste para hacer la copia de seguridad de tu lista de paquetes), y luego usa AptBackup para reinstalar el resto de tus modificaciones -- y luego reconfigúralas como prefieras. También puedes ir siempre a Manage Account (en la página principal de la aplicación Cydia), entrar en tu cuenta, tocar Installable Purchases, y reinstalar tus paquetes de pago desde ahí. Woo!