En realidad, hay muchas formas en las que una aplicación puede ganar dinero. La primera y más obvia es hacer que el usuario pague antes de poder descargarla de la App Store. Apple se lleva un royalty que creo que es del 30%.
La segunda, que es la más común es la de los anuncios. Hay múltiples servicios que pueden ofrecer anuncios para tu app. Por ejemplo iAd de la propia Apple o AdMob de Google. De nuevo, Apple se llevará un royalty de lo que ganes con los anuncios.
Tercero, las compras dentro de la aplicación (IAP). Las IAP pueden funcionar de muchas maneras diferentes. Por ejemplo puede ser un pago único para acceder a otra parte de la app u otras funcionalidades. También puede usarse como una tienda para comprar gemas como en Clash of Clans.
Vender datos del usuario es la cuarta. Cuando te registras en una app les das muchos datos como el correo electrónico, la edad, el sexo y la contraseña ex. Estos datos pueden ser útiles para empresas de investigación o alguien que quiera hacerse con un montón de direcciones de correo electrónico. No te preocupes por esto, casi todas las aplicaciones (al menos las más grandes) tienen una política de privacidad que dice que no harán tal cosa.
Los patrocinadores son otra forma de que tu aplicación gane dinero. Todas las empresas quieren asociarse con tu gran aplicación y dar a conocer su nombre. Tal vez quieran que cambies el nombre de tu aplicación a SponsorCompanyName: TuNombreDeLaAplicación, o simplemente quieren su logo en tu página web.
O bien, haces algo como Snapchat. Yo lo llamo "anuncios disfrazados". Quizá al principio no te des cuenta, pero los Discover de Snapchat son sólo anuncios. Excepto que son buenos anuncios (según yo). Consiguen que su nombre salga a la luz, tal vez quieras encontrar su página web porque has leído algún artículo en su página de Discover, y, vaya, han conseguido un cliente/usuario. Si lo he entendido bien, las empresas ya no tienen que pagar, así que es como los anuncios gratuitos.