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Esto se debe a una nueva tecnología llamada 'App Thinning'
Ahora bien, ¿qué es exactamente App Thinning?
App Thinning reduce la actualización OTA de iOS 9 de 4,6GB a 1,3GB, una reducción de tamaño del 71%. Esto no sólo ayudará con las futuras actualizaciones OTA, sino que la tecnología estará disponible para que los desarrolladores reduzcan el almacenamiento requerido por las aplicaciones de terceros.
Veamos cómo funciona:
La tecnología utiliza tres características principales para desbordar las aplicaciones
- App Slicing: las aplicaciones de iOS se desarrollan para ejecutarse en una variedad de dispositivos, por lo que vienen con código para soportar todos ellos, independientemente de que tu dispositivo en particular lo requiera o no. App Slicing permitirá que tu dispositivo descargue sólo aquellos archivos que requiera nuestro dispositivo. Ejemplo: no necesitas los activos 3x del iPhone 6 Plus si tienes un modelo de 4 pulgadas.
- Recursos bajo demanda (ODRs): Funciona con la idea de que una app probablemente no necesita toda su biblioteca de recursos en un momento dado, por lo que se pueden descargar o eliminar partes de ella según sea necesario. Los desarrolladores podrán especificar qué código se necesita en cada momento etiquetando secciones de código como ODR. Estas partes se descargarán automáticamente de la App Store cuando se necesiten y se eliminarán cuando no se vuelvan a necesitar.
- Bitcode: Se refiere a una "representación intermedia" de una aplicación que los desarrolladores subirán a la App Store en lugar de un binario precompilado. Esto funciona de la mano con App Slicing, permitiendo que el código de bits se compile bajo demanda como 32 bits o 64 bits, dependiendo del dispositivo de descarga. Esto también permitirá que cualquier mejora del compilador realizada por Apple se implemente automáticamente, en lugar de que los desarrolladores tengan que volver a enviar sus aplicaciones.
Fuente: iOS 9's 'App Thinning' aumentará efectivamente la capacidad de almacenamiento de tu iPhone'
Edición: Gracias por promover mi respuesta, Harsh Diwan, Hector Martinez