Windows usa lo que le den. El hardware lo permite, no Windows.
Por ejemplo, con el hyper-threading necesitas una CPU que esté diseñada para trabajar de esta manera. El HT es simplemente una forma de hacer que un núcleo comience una nueva tarea mientras sigue ocupado con una anterior. Hace que parezca que tienes el doble de núcleos de los que existen físicamente. Si la CPU nunca fue diseñada para hacer esto, no hay manera de hacerlo. Por lo tanto, lo primero que hay que hacer es tener el hardware correcto.
Debería haber un ajuste en la BIOS/UEFI de la placa base para desactivar/activar esto. Normalmente en el arranque (justo antes de que se inicie Windows) podrías pulsar alguna tecla (como Del / F2 / F10 / etc.) dependiendo del fabricante de la placa base, para abrir la pantalla de configuración de la BIOS/UEFI. Si la CPU permite HT, realmente se activaría por defecto.
Después de esto, Windows (o cualquier sistema operativo que se instale) lo utilizará como fue diseñado por sus programadores. Permitiendo que varios programas e hilos se ejecuten en cada núcleo virtual a la vez, aunque en realidad sólo haya la mitad de los núcleos. No es necesario hacer nada más.