A menudo puedes detectar si has sido hackeado, mediante el uso de herramientas como netstat, y en Windows, el Administrador de tareas. O simplemente observando comportamientos extraños en tu dispositivo.
Es decir, si te enfrentas a un script-kiddie amateur. Pero, el adversario más inteligente utilizaría técnicas que evitarían que sus acciones se mostraran utilizando medios tan rudimentarios.
Si una agencia de inteligencia de nivel nacional quiere hackear tu ordenador, entonces puede que nunca lo sepas. Son muy buenos en lo que hacen.
Hay herramientas especializadas que puede utilizar para detectar algunos de estos ataques más avanzados. No las describiré aquí, porque no quiero que nadie (de ningún bando) obtenga ventaja de mi respuesta. Si esperabas que te diera esta información, vuelve a la escuela de scripts. Si no, ya los conocías.
Diré que, tanto si lo hacen los "sombreros blancos" como los "sombreros negros", entrar en un ordenador sin una orden judicial debidamente ejecutada es ilegal en la mayoría de las jurisdicciones. Creo que cualquiera que viole la privacidad de otro, debe ser perseguido con todo el peso de la ley: Ya sea un hacker que vive en el sótano de sus padres, o una agencia de inteligencia extranjera, si las autoridades consiguen una orden judicial ejecutable, entonces tienen un medio legal para hacerlo.
Por supuesto, la mejor manera de protegerse de la piratería informática es físicamente "air-gap" su ordenador. Pero entonces, realmente no puedes hacer nada, ¿verdad? Es un intercambio. Algo así como tener sexo con dos o tres condones puestos.