Gran pregunta.
Una VPN, o Red Privada Virtual, es esencialmente una red completa que oscurece tu dispositivo, tu IP, tu conexión en su conjunto y hace que parezca que estás navegando a través de una ubicación diferente.
ShadowSocks es un proxy, lo que significa que hace lo mismo pero sólo a nivel de servidor; significa que tu tráfico está encriptado, pero tu dispositivo no lo está.
Esto tiene un lado bueno y otro malo.
Valor bueno
Tu conexión será más rápida y normalmente más estable que usando una VPN.
Valor malo
Sólo estás protegido a nivel de servidor.
Aparentemente, Shadowsocks tiene éxito donde otros han fracasado cuando se trata de VPNs, con el único que realmente puede funcionar allí es VyprVPN (que también se arrastra hasta cierto punto).
Shadowsocks es un jugador local en China, que sufre sobre todo de sitios web bloqueados, ergo la necesidad de tales herramientas en primer lugar.
A pesar de que las VPN se consideran mejores que los proxies en su conjunto, la mayoría de los proveedores de VPN también ofrecen proxies; pregúntate por qué harían eso si las VPN son suficientes...
Otra opción que puedes elegir es usar un VPS, o Servidor Privado Virtual.
Es bastante similar a un proxy en el sentido de protegerte en el lado del servidor, pero muy común en muchos lugares que sufren de sitios web bloqueados.
No es difícil configurar uno, como puedes ver: