La pregunta parece muy específica, pero no lo es. Esto es porque After Effects tiene varias funciones, que pueden ser abordados en diferentes enfoques por diferentes programas. Composición, gráficos en movimiento o VFX.
Mahmud Sohag Gazi ya mencionó Blender blender.org - Hogar del proyecto Blender - Software de creación 3D libre y abierto y no es "sólo una alternativa" a AE, pero tiene muchas ventajas sobre él. Difícilmente se puede encontrar un proyecto de AE que no pueda ser resuelto por Blender.
Pero como mencioné al principio, depende de lo que estés haciendo en after effects.
La primera idea es que AE es un compositor. Si estás haciendo eso una opción es HitFilm Descargar HitFilm Express | para Mac y PC - fxhome.com que tiene un editor de vídeo y un compositor. Un compositor se puede utilizar para animar cosas, ya sea en 2D o 3D y HitFilm puede hacer eso. También puede renderizar elementos 3d directamente.
Algunos otros programas pueden hacer algunas animaciones básicas. El usuario-12254380618896459639 mencionó Davinci Resolve DaVinci Resolve 16, que es un gran editor de vídeo y herramienta de corrección de color, que ahora tiene integración con Fusion, pero el flujo de trabajo es muy diferente.
Otro compositor gratuito es Natron. También es un compositor basado en nodos. NATRON.
Una característica que apenas tiene competencia es la cantidad de recursos para él, hay plantillas para AE por todas partes, y no muchas para otros programas, y eso es una pena. La competencia siempre es buena.
Así que, define cuál es la característica con la que quieres trabajar y encontrarás una herramienta en algún sitio.