La respuesta depende de a qué nivel quieras hacer econometría, y cuál sea tu especialización. Yo divido los programas en tres categorías: One-Click, Semi-Codificación, y Codificación Pura.
Programas "One-Click" ((casi) no se requiere codificación, los resultados se obtienen con un clic)
STATA: La mayoría de los programas de pregrado de economía utilizan STATA. Es el mejor programa (incluso a nivel de doctorado) si desea estimar datos de panel (es decir, cuando los datos tienen una dimensión transversal y de serie temporal. Ejemplos típicos son las encuestas y los conjuntos de datos de comercio internacional).
Eviews: Menos famoso que Stata, pero proporciona un análisis de series temporales mucho mejor. Si no quiere hacer series temporales olvídese de Eviews.
SPSS: No tengo mucha información sobre él. Pero puedo decir que no es muy utilizado.
Programas de "semicodificación"
SAS: Solía ser una gran cosa hace 10-20 años. Ahora mismo no es tan famoso como antes - aunque hay algunas empresas que siguen prefiriendo estrictamente el uso de SAS.
R: Tal vez el programa más popular hoy en día. En primer lugar, es gratuito. La red de R y los paquetes de R (algoritmos preescritos por otros) son cada vez más grandes. Sin embargo, el hecho de que haya tantos paquetes listos para usar en R hace que también sea un programa de semicodificación si se quiere.
Programas de "codificación pura"
MATLAB: El programa más famoso entre los econometristas (de alto nivel). Mucha economía aplicada se ha hecho con Matlab. Muchos investigadores ponen sus códigos de Matlab en línea. Tiene un buen paquete de econometría, aunque hay que codificar.
PYTHON: Es más potente y rápido que Matlab. Sin embargo, es un lenguaje muy nuevo; todavía se está desarrollando.
C++: Si lo que se quiere es codificar a fondo, C++ es el programa por excelencia. Es extremadamente rápido en términos de cálculo (una vez, mi simulación tardó 25 horas en Matlab, mientras que C++ ejecutó el código en 3-4 horas).
FORTRAN: Los profesores mayores de 55 años conocerán este programa. Ya (casi) no se usa - ¡aunque deberíamos mostrar algo de respeto al Padre de los Programas de Codificación!
BONUS: Hay varios otros lenguajes de programación, por supuesto. Si estás en el Reino Unido (especialmente en Oxford), acabarás usando un programa llamado Ox., que es un programa optimizado para el álgebra matricial y, por tanto, para la econometría. Gretl es un programa extremadamente fácil de usar -pero menos de ofrecer-.
Entre todas las opciones, te sugeriría que aprendieras R independientemente de si quieres trabajar en el mundo académico o en la industria (cada vez más empresas empiezan a usar R por cierto). Pero si quieres mantenerte alejado de la codificación, entonces opta por STATA.