Todavía hay una gran diferencia, pero se está reduciendo de día en día y para entender que uno necesita un poco de historia.
Visual Studio para Mac es sucesor de Xamarin.Studio y Xamarin.Studio fue una combinación de IDE de código abierto MonoDevelop con complementos de código cerrado para Xamarin.Android, Xamarin.iOS y Xamarin.Mac.
MonoDevelop es un IDE de código abierto, multiplataforma (xplat) basado en GTK#, por lo que puede funcionar en MacOSX, Linux y Windows, pero ese hecho hace que no sea nativo en Mac y Windows: no se siente natural (un poco feo) y es más lento.
MonoDevelop puede ser construido para funcionar en Linux, pero un montón de características se perderá (hablando de 2019-05-31). el usuario tendrá la capacidad de construir aplicaciones básicas de .NET Core (Consola y ASP.net Core).
Visual Studio para Mac está experimentando grandes cambios. Se está portando de GTK# a AppKit (nativo de Mac). Por ejemplo, en los últimos meses los editores han sido portados para utilizar las APIs nativas de Mac.
Visual Studio para Windows se basó en gran medida en la tecnología COM y las APIs específicas de Windows y esto será una tarea no trivial para desenredar eso. OTOH la mayor parte de la interfaz gráfica de usuario IDE está basada en WPF y aunque hay WPF para .NET Core escribir un nuevo motor de renderizado para las plataformas que no son Windows también será una tarea no trivial (WPF en Windows está basado en DirectX).
La fusión/migración del tiempo de ejecución está casi hecha - .NET 5 fue anunciado hace unos días durante //BUILD 2019.