Google Docs.
Los marcadores y las notas son sólo información, lo que significa que todo lo que necesitas es un programa de almacenamiento de datos. Incluso puedes dar a la gente el enlace a tus marcadores y notas si necesitas compartir la información.
Además, su uso es gratuito. Esto es clave, porque la única ventaja de pagar por una de esas lujosas herramientas basadas en la nube es que probablemente obtendrás la posibilidad de importar directamente y editar profesionalmente tu información. Las importaciones directas son para los extremadamente perezosos (porque ¿cuánto esfuerzo supone realmente copiar y pegar, verdad?), y el software de edición profesional es para personas cuyas necesidades se extienden mucho más allá del mero almacenamiento de información de todos modos (en cuyo caso deberías buscar un software más especializado en relación con las tareas específicas que necesitas hacer, ya que el software de nivel profesional se valora precisamente porque está adaptado para dar servicio a cosas específicas).
Si te gusta pagar por funciones que nunca vas a utilizar, compra algún software. Si no, abre tu cuenta de Gmail (o hazte una) y empieza a usar Google Docs. Es gratis y fiable, que es todo lo que realmente necesitas.