Lo que puedo señalar, desde mi propia experiencia, son las herramientas de seguimiento de proyectos ágiles como PivotalTracker, que es gratuito para todos, excepto para las empresas con fines de lucro:
Hay un concepto de "velocidad" con el que puede que ya estés familiarizado. La idea es que un equipo de desarrollo de software estima cuántos "puntos" creen que pueden completar en el transcurso del siguiente "sprint". Un punto es sólo una representación del "esfuerzo" de desarrollo. Si se trata de una tarea fácil que llevará menos de una hora, puede ser medio punto. Si puede llevar un par de semanas, puede ser 8 puntos. No intentes ser demasiado específico con eso. La definición de un punto, en relación con el tiempo, cambia a medida que mejora la productividad de un equipo de desarrollo. Pero la relación entre los puntos y sus tareas sigue siendo la misma. Más o menos. El número de puntos puede verse afectado por la experiencia que tenga un desarrollador con las tecnologías pertinentes, y eso probablemente mejore con el tiempo. Sin embargo, no es lo mismo que la mejora de la productividad basada en un equipo ágil más eficiente, que es lo que cambia la definición de un punto.
Pero en fin, divago. Usted preguntó acerca de las herramientas en línea disponibles, y usted puede utilizar algo como PivotalTracker para el seguimiento de los puntos, que le dan un medio para estimar las tareas de desarrollo de software. También es muy popular JIRA con su plugin "Agile", antes conocido como "Greenhopper". Esto es lo que se llama un "gráfico burndown", que muestra cómo, a lo largo del tiempo, los desarrolladores completaron las tareas con puntos, y eliminaron esos puntos de la "lista de tareas", o el "backlog".
Siempre he visto JIRA internamente alojado en la práctica, pero Atlassian, que lo vende, ofrece un "servicio alojado", que, para 10 usuarios y la funcionalidad "Agile", es de 20$/mes.
También hay otras herramientas populares de gestión de proyectos como Asana y Basecamp, pero éstas no ofrecen una funcionalidad similar de seguimiento del tiempo. Sin embargo, hay una extensión que se puede comprar para cualquiera de las dos, llamada Harvest ... nunca la he probado. Trello es gratuito, pero no tiene seguimiento de puntos de forma inmediata. Sin embargo, hay maneras de añadirlo.