Todo depende del método que utilices para rootear tu dispositivo, déjame darte algunos ejemplos en ambos extremos de la escala:
Hay muchos métodos para rootear un teléfono Android, desde los más fáciles "permitidos" por así decirlo, como en un dispositivo Nexus, hasta los complejos y engorrosos en algunos dispositivos donde rootear / desbloquear el bootloader está absolutamente prohibido por el fabricante/portador (i.e. algunos dispositivos HTC, Samsung, Motorola, Sony....) y donde se suelen necesitar técnicas extremas para lograr el rooteo.
En la mayoría de los casos DESBLOQUEAR EL BOOTLOADER es un requisito previo, para poder instalar cosas. En los dispositivos Nexus que se hace de un simple comando "adb" desde un PC conectado a través de cable USB, entonces sí, todo se borra, el teléfono se restablece a un estado de fábrica.
Así, el caso A: un dispositivo Nexus,..hasta Lollipop (Android 5.x) como Marshmallow es todavía en las técnicas de investigación de enraizamiento, Sólo tienes que descargar algo como Chainfire's SuperSU zipe archivo de SuperSU Descargar poner eso en su teléfono's de memoria, a continuación, reiniciar en modo de recuperación e instalar ese archivo zip. Presto, el teléfono está arraigada y para responder a su pregunta, usted no perdió nada de su teléfono. (Nuevamente, no perdiste nada al hacer el ROOTING, pero podrías haber perdido TODO al desbloquear el bootloader, párrafo de bloqueo anterior).
Caso B: Instalar un firmware ROM de terceros. Normalmente, se recomienda un wipe total...SI haces eso, entonces probablemente tendrás tu teléfono con una ROM nueva y brillante, probablemente ya esté rooteado (como el firmware Cyanogemod) Y, si has borrado todo, entonces has perdido todo.
Hay formas en las que puedes instalar un firmware sin borrar todo...pero esto podría causar un comportamiento extraño...
Caso C: Hay algunas marcas y algunos modelos específicos a los que no se les permite desbloquear el bootloader como, por ejemplo, la mayoría de los teléfonos de prepago de CARRIER, sin contrato (que son muy baratos, pero buenos dispositivos.... como el Verizon, Moto E 2015, LTE.... que NO es elegible para ser desbloqueado el bootloader por Motorola - Verizon, ¡vergüenza!) .... Esos teléfonos sí requieren algún tipo de exploit o vulnerabilidad para ser rooteados. Si se encuentra ese "agujero", entonces se podría rootear pero, normalmente hay problemas colaterales adicionales de los que hay que ocuparse. Por lo general, te arriesgas a perder todo lo que hay en tu teléfono y en casos extremos... incluso te arriesgas a perder el propio teléfono, es decir, el dispositivo... si se brickea... puede convertirse en un bonito pisapapeles.
Así que, ahí lo tienes... todo depende del teléfono, la técnica utilizada y el proceso en sí. Puedes o no perder todos tus datos...y en casos extremos, hasta el teléfono.
Buena suerte.