Las estructuras de las carpetas serán siempre específicas y diferentes entre sí en función de la tecnología y las herramientas de compilación que estemos utilizando. Según el java puedo sugerir
Para las aplicaciones java del núcleo la estructura será
Carpeta del proyecto dentro de la cual tendremos las carpetas LIB SRC CLASSES en LIB todas las bibliotecas archievs de java SRC normalmente Código fuente .java archivos CLASSES cantaines siempre compilado clases java. otros archivos normalmente usamos la carpeta RESOURCES
Y para las APLICACIONES WEB construir estructuras decididas por las herramientas de construcción y las especificaciones del servlet según el ServletSpecification CARPETA DEL PROYECTO dentro de la carpeta WEB-INF dentro de las clases WEB-INF y las carpetas lib fuera de la WEB-INF hay todos los recursos y archivos de script html jsp debe ser.
Si el uso de ANT TOOL habrá archivo xml de configuración. allí podemos crear y utilizar el hecho de la estructura de archivos especificados servlet arriba. Si usamos MAVEN se encargará de crear la estructura de carpetas anterior automáticamente a partir de las estructuras de carpetas de maven.
Si usamos plugins de maven y ant en el IDES que se encargará de todo.