En su día, las pantallas de los ordenadores eran negras con texto claro (verde o blanco). Esto tenía sentido. Luego llegaron los procesadores de texto y alguien (probablemente Microsoft) se dio cuenta (o pensó, pero probablemente de forma correcta) que la gente de negocios a la que vendían quería algo más literalmente "lo que ves es lo que obtienes", lo que llevó al paradigma de texto negro sobre fondo de "papel" blanco.
Resulta que esto era más como mirar una lámpara que una hoja de papel, pero se mantuvo. Siempre lo he odiado, y especialmente odiaba que en la web, a diferencia de los terminales y los editores, realmente no se puede cambiar sin destruir la estética de casi todos los sitios web.
Lo que realmente se quiere, para evitar el cansancio y la fatiga ocular, es un contraste general de baja intensidad y medio/alto. Una intensidad baja significa que sus ojos no se quemarán por mirar fijamente una lámpara, y un contraste medio/alto significa que sus ojos no tendrán que esforzarse para ver la diferencia entre el texto y el fondo.
Otro tema es el enfoque. Si la pantalla es demasiado oscura (y estás en una habitación oscura), tus pupilas se dilatan, y esto hace que la imagen sea más borrosa, causando tensión. Esto significa que no quieres una intensidad demasiado baja, especialmente si te sientas en una habitación oscura.
Por lo tanto, quieres un fondo con la intensidad de un gris oscuro, con algo sobre la intensidad de un gris claro. Sin embargo, para conseguir el alto contraste del que hablé anteriormente, es necesario utilizar el color.
Una de las mejores combinaciones de colores para esto es en realidad el texto amarillo sobre un fondo azul oscuro. Sin embargo, esto a menudo parece bastante chillón, así que no lo uso. Zenburn (disponible para vi(m), emacs, todo tipo de terminales, y probablemente tu editor favorito también) es un tema popular con una intensidad bastante baja, pero encuentro que el contraste no es lo suficientemente alto, así que normalmente voy con algo un poco más oscuro para el fondo y un poco más claro para el primer plano.
Personalmente, uso un Sunburst ligeramente modificado en emacs: http://pdeng.wordpress.com/2008/11/02/my-emacs-color-theme/ y el esquema de terminal por defecto para el último tema "Ambiance" de Ubuntu (con algunas personalizaciones tontas de zsh y DIR_COLORS y LS_COLORS adecuados).