Basado en la forma en que redactaste tu pregunta asumo que estás preguntando por sus programas de pregrado. Desde el punto de vista de un empleador ver Waterloo o U de T no va a hacer mucha diferencia a menos que la persona que te entreviste sea de Waterloo. Los graduados de Waterloo tienden a tener un fuerte sentido de la camaradería... lo que también puede explicar el número de sudaderas de Waterloo en Silicon Valley. Personalmente no tengo ninguna sudadera de la U de T y no recuerdo que ninguno de mis amigos de la U de T haya llevado nunca una sudadera de la U de T. Los estudiantes de la U de T tienden a identificarse más con las cosas fuera de la universidad, como los bares, los clubes o la zona de la ciudad en la que vivían.
Lo que va a importar a un empleador es tu experiencia laboral. Aquí es donde Waterloo brilla. Todos los graduados de Waterloo que he conocido pasaron por prácticas. La Universidad de Toronto también tiene programas de prácticas, pero es necesario solicitarlas específicamente. Durante mi estancia en la Universidad de Toronto (97-02), sólo un pequeño porcentaje de los estudiantes del programa de ciencias de la computación hacían prácticas. Puede que esto haya cambiado desde entonces, pero incluso entonces podías graduarte con una experiencia de prácticas muy fuerte (yo lo hice) si simplemente investigabas un poco y encontrabas los programas adecuados.
Dicho esto, también hay una cuestión de estilo de vida. Waterloo-Kitchener es un lugar mucho más pequeño que Toronto. Vas a pasar una cantidad significativa de tiempo en la ciudad así que depende de lo que prefieras una metrópolis o una ciudad estudiantil... y de cuánto dinero tengas a tu disposición, el alquiler es significativamente más barato en Waterloo si vives fuera del campus.... pero Toronto es un lugar mucho más interesante para vivir, especialmente en verano, al menos en mi opinión. Además Toronto tiene más oportunidades de trabajo a tiempo parcial que Waterloo, lo que puede compensar fácilmente la diferencia en el alquiler.
En cuanto a la materia, tanto por hablar con amigos como por entrevistar a gente para puestos de CS, ambas universidades cubren la misma materia en CS al mismo nivel. En otras materias como matemáticas o humanidades la U de T puede ser un poco más competitiva simplemente por la mayor población estudiantil (84K vs 36K en 2014). En realidad, creo que es aquí donde la U de T brilla, tendrás muchas más opciones para tus electivas y una elección más amplia en términos de amigos. CS es sólo uno de los muchos programas grandes en U de T, por lo que es muy fácil de explorar otras áreas temáticas con grandes profesores (especialmente en el campus del centro). Además, inadvertidamente harás amigos de otros programas además de CS simplemente por tu proximidad a ellos.
Personalmente encontré que explorar otras materias era uno de los aspectos más gratificantes de la universidad. La clase que recuerdo más claramente de mis días de universidad es en realidad una clase de inglés a la que asistí y en la que el profesor exploraba el significado del personaje de Morfeo en la película Matrix.
En términos de programas de posgrado, la U de T es mucho más competitiva. Está muy bien clasificada en la escala mundial y los puestos de posgrado son generalmente buscados por un gran número de estudiantes internacionales. Tengo amigos que solicitaron (y entraron) en Waterloo simplemente porque no pudieron entrar en los programas de posgrado de la U de T. En cuanto a un puesto de profesor, por lo que tengo entendido es MUY difícil entrar en la U de T. Waterloo tampoco es un paseo, pero es más fácil.
Así que para responder a tu pregunta, sí la U de T es una escuela de CS superior. ¿Es mejor que Waterloo? Depende de lo que signifique mejor para ti.
... y para ponerme en antecedentes. Me gradué en la U de T en 2002 con honores en Ciencias de la Computación y Física. También trabajé a tiempo parcial como TA en la U de T para los cursos de CS que van desde los cursos de introducción de primer año a los cursos de redes de cuarto año ... Yo estaba a 1 crédito de un menor de la historia y pasé la mayor parte de mi tiempo en la U de T en el campus de Scarborough, aunque tomé un número significativo de cursos en el campus del centro.