Algunas cosas a tener en cuenta:
1) La "escuela superior" no te compra mucho a nivel de doctorado, ciertamente no tanto como la reputación de tu asesor. Encuentre a la mejor persona que esté investigando en el área a la que se quiere dedicar y apunte a unirse a su laboratorio.
2) ¿Cuál es su puntuación en el GRE? Si está por debajo de lo que el departamento acepta, tus notas no te ayudarán. Si está muy por encima de lo que el departamento acepta, tus notas no importarán.
3) ¿Qué has publicado? Estás pidiendo que te contraten como investigador en formación. Demostrar que puedes hacer investigación (en informática) va a ser muy útil.
4) ¿Qué te dicen tus supervisores y mentores actuales? Te están diciendo que deberías aplicar a las "mejores escuelas"? O no te están animando a hacer un doctorado? ¿Has hablado de lo que pondrán en tus cartas de recomendación? No te dirán el contenido exacto, pero probablemente estarán dispuestos a darte una idea general.
5) Las mejores escuelas reciben muchas más solicitudes de las que pueden aceptar. La mayoría de esos solicitantes provienen de grandes programas de grado y MS y tienen un sólido historial de investigación en ciencias de la computación. Si no tienes un título en ciencias de la computación y no estás haciendo investigación en ciencias de la computación, creo que es poco probable que puedas hacer un caso exitoso para ser admitido en lugar de alguien con esas calificaciones.
6) Entrar en una escuela top-50 no debería ser un problema, sin embargo. Y eso'es perfectamente suficiente para hacer un gran trabajo.