La forma más sencilla y segura es copiar primero los archivos a un directorio que no esté en OneDrive, y luego eliminarlos de tu OneDrive. Si tienes poco espacio en tu ordenador, puedes utilizar la operación de mover en el Explorador de archivos, que esencialmente los copia uno a la vez y luego elimina cada uno de la ubicación original después de copiarlo.
Si se trata de archivos realmente grandes y ni siquiera tienes suficiente espacio de sobra para dos copias de uno de los archivos, tendrás que mover temporalmente el archivo a alguna otra ubicación como una unidad flash USB o un disco duro externo.
Ten cuidado con algunos de los directorios predefinidos como Música e Imágenes. Es posible que Windows los haya movido de forma automática e invisible a tu OneDrive utilizando un enlace simbólico (por tomar prestado el término de Unix para lo que ha sucedido), de modo que C:Users\Pictures es en realidad C:Users\OneDrivePictures. Lo mismo se hace para cualquier directorio que elijas sincronizar con OneDrive, pero esos son especialmente propensos a morder porque Windows 10 lo hace por defecto; no estoy seguro de las versiones anteriores. No puedes guardar los archivos moviéndolos a uno de esos directorios porque realmente son el mismo lugar. Haz un nuevo directorio (digamos, MásFotos) en su lugar.