La respuesta a ambas preguntas es Sí.
La interfaz del puerto USB 3.1 utiliza el conjunto de pines del USB 3.0 y más. Está diseñado para ser compatible con versiones anteriores (se explicará más adelante). Todavía no se han publicado oficialmente las especificaciones de la cabecera USB 3.1 (en el momento de escribir este artículo), pero la primera placa base que la incorpora es la ASUS ROG MAXIMUS IX FORMULA (a continuación hay fotos e información del manual de la placa base sobre la cabecera). No estoy seguro de si esto va a ser el estándar hasta que vea un documento de lanzamiento por USB.org que esto es de hecho el correcto.
En su primera pregunta, sé que será más pequeño y y mayor densidad debido a la limitada de bienes raíces en la placa base. La cabecera actual del USB 3.0 tiene un tamaño de unos 25x8 mm, y el USB 3.1 al tener más pin de señal no será más grande. Si van a exprimir más señal en el mismo conector o en uno más pequeño, tendrán que usar un conector de mayor densidad, así que esperen ver un tipo de conector diferente.
Segunda cuestión, una vez que se establezca el estándar y el fabricante de placas base empiece a implementar el cabezal USB 3.1 en la placa base, verán al fabricante de chasis seguir con el panel frontal adecuado (con puerto C) y el cable con cabezal para USB 3.1. Verás que los fabricantes de periféricos sacan periféricos para añadir el puerto USB 3.1 tipo C al chasis frontal.
Sobre la compatibilidad con versiones anteriores que mencioné antes, así es como va a funcionar. En las especificaciones del USB 3.1, hay compatibilidad para el dispositivo USB 3.0 utilizando el convertidor (USB-C a USB Tipo-A para que puedas conectar tu dispositivo USB heredado al puerto USB-C y siga funcionando correctamente pero sin la velocidad. Como se puede ver ahora mismo en el mercado un montón de dispositivos que están marcados como dispositivo USB 3.0 pero con un conector USB-C.
En la tecnología, las cosas cambian muy rápidamente. Lo que se menciona arriba es correcto en el momento de escribir este artículo a fecha de 1/23/2017.