Apple ha sido históricamente muy estricta con las infracciones de derechos de autor en sus tiendas. Aunque la mayoría de los emuladores no son técnicamente ilegales, son inútiles sin usar roms que son ilegales. Si Apple empezara a permitir los emuladores, tendría que vigilarlos también - y lidiar con compañías que se quejarían como Nintendo, Sony y Sega. Supongo que a Apple le importa más su relación con esas empresas que tener unos cuantos emuladores en la tienda.
Pero más que eso, el problema radica en que los emuladores están en el mismo cubo tecnológico que otro software que Apple no quiere en sus plataformas. Apple tuvo una larga pelea con Adobe sobre flash y servicios similares que básicamente interpretan el código y lo ejecutan en el dispositivo de esa manera. Esto es muy similar a cómo funcionan los emuladores - excepto que en lugar de código Flash, estarían interpretando y ejecutando código de una consola antigua.
Para evitar que Flash y programas similares lleguen a la AppStore, Apple puso una cláusula en su acuerdo de desarrollador que establece que no se puede ejecutar 'código no nativo'. Es la misma cláusula que bloquea los emuladores.
Sin embargo, esta es una zona muy gris. He visto emuladores de DOS en la tienda, pero en los que no se puede meter software nuevo, sólo vienen empaquetados con unos cuantos juegos gratuitos. Eso es menos problemático porque nadie está rompiendo los derechos de autor de nadie, pero aún así no debería estar permitido. Depende un poco del revisor, supongo.