Apple hace todo lo posible para mantener las complejidades de Unix ocultas a su base de usuarios normales. Su filosofía de diseño es mantener a los usuarios normales alejados de los fundamentos del sistema operativo. Entienden que la mayoría de la gente sólo quiere que las cosas funcionen, y no están realmente interesados en la magia que ocurre bajo las cubiertas. Tampoco quieren que la gente que no entiende lo que está haciendo, manipule elementos importantes en esos directorios.
Dicho esto, también entienden que hay usuarios avanzados, desarrolladores y tweakers en general que quieren acceder a estos directorios, por lo que proporcionan numerosos mecanismos para acceder a ellos si sabes que están ahí. Es decir, Terminal, la acción 'Go To Folder' del Finder, mostrar directorios ocultos, alias, etc.
Admito que /usr es uno de los que es cuestionable en este sentido, pero no es ni mucho menos el único que mantienen oculto. Abre el terminal, y ejecuta un comando 'ls -la /', y verás todo tipo de otras carpetas ocultas, como net, opt, sbin, cores, etc. El usuario típico no tiene nada que hacer con esos directorios. Además, no siguen el mismo esquema de nombres que el sistema operativo tradicional de Apple. Apple utiliza letras mayúsculas como Aplicaciones, Usuarios, etc. Apple se preocupa mucho por la apariencia, y tener esa mezcla no se ve del todo bien. Así que mantenerlos ocultos también ayuda en este aspecto. (aunque hay que admitir que eso es mucho menos preocupante)
Así que es simplemente la filosofía de diseño de Apple. Yo lo veo como dos sistemas operativos. El sistema operativo tradicional de Apple, sentado encima de una capa de Unix. Apple sólo muestra su sistema operativo a sus usuarios normales, y los usuarios avanzados, desarrolladores, etc, tienen todo el acceso que necesitan a la bondad de Unix bajo el capó.