La respuesta corta:
Microsoft ha quitado el control de las actualizaciones de Windows a la gran mayoría de los consumidores (creo que si tienes Windows 10 Pro tienes más control), y cualquier trabajo no guardado puede perderse (algunos programas pueden intentar recuperarlo ya que pueden crear un archivo temporal donde los cambios son guardados por el programa hasta que pulses el botón de guardar). Por eso, ahora es más importante que nunca guardar frecuentemente tu trabajo, en la mayoría de los programas esto se puede lograr con Ctrl + S, acostúmbrate a pulsar esa combinación de teclas cada pocos minutos mientras trabajas. Como alternativa, puedes hacer un arranque dual con una distro de Linux, usar Linux para trabajar y Windows para los juegos. Linux no se reiniciará sin que usted le diga que se reinicie.
La respuesta larga:
Microsoft tiene un gran problema cuando se trata de Windows. Dado que es el sistema operativo más utilizado para los ordenadores de sobremesa/portátiles, es un objetivo importante del software malicioso (malware/virus). La lógica aquí es simple. Si quiero obtener mucha información de la gente, voy a escribir un software dirigido a lo que la mayoría de la gente está usando. Esto se vio agravado por el hecho de que Windows había dado históricamente al usuario privilegios de administrador por defecto, por lo que el software malicioso podía hacer prácticamente todo lo que quería una vez que entraba en su sistema.
Entonces, ¿qué tiene que ver esto con las actualizaciones? Bueno, el software malicioso tiene que entrar en su ordenador de alguna manera, ya sea descargándolo e instalándolo, o aprovechando las vulnerabilidades del sistema operativo o de otro software que se ejecuta en el ordenador. A medida que se encuentran nuevas vulnerabilidades, se publican actualizaciones para solucionar el problema. Sin embargo, esas actualizaciones no funcionan si la mayoría de la gente no las instala. Resulta que el usuario medio trata horriblemente a sus ordenadores (chocante, lo sé) y pasa semanas o meses sin reiniciar, normalmente sólo lo hace cuando todo el sistema se bloquea o se cuelga. Así que, aunque el usuario dejara activadas las actualizaciones automáticas, éstas no se aplicarían realmente porque, con Windows, las actualizaciones sólo pueden aplicarse mientras no se accede a determinados archivos.
Todo esto significaba que, en las versiones anteriores de Windows, un gran número de personas no estaba ejecutando una versión completamente actualizada del sistema operativo, lo que facilitaba mucho la propagación de software malicioso. Para "resolver" este problema, Microsoft decidió forzar las actualizaciones a sus usuarios. Las actualizaciones se descargan automáticamente, independientemente de lo que estés haciendo (sé que he tenido algún retraso en los juegos debido a la descarga de las actualizaciones). Entonces, si no has reiniciado tu ordenador después de un cierto tiempo, se reiniciará por ti, independientemente de lo que estés haciendo. He visto muchas historias de que esto ocurría mientras la gente estaba dando conferencias o presentaciones, o cuando habían estado trabajando en algo durante horas pero no habían guardado su trabajo.
Puedo decir con seguridad que no me ha pasado nada de eso, porque desde hace años sólo uso Windows para jugar. Uso Fedora 25 KDE Spin para todo lo que no sean juegos, incluido mi trabajo. El entorno de escritorio Plasma de KDE es muy similar al de Windows en términos de diseño, y debería ser fácil de aclimatar. De hecho, esta fue una de las razones por las que, cuando tuve que empezar a usar Linux para el trabajo, seleccioné esa distro en particular. En realidad era la Scientific Spin, pero seguía usando KDE, y venía preinstalada con casi todo el software que necesitaba, además de toneladas que nunca toqué, por lo que al final empecé a usar la vanilla KDE Spin.
Las distros de Linux no instalan actualizaciones sin tu permiso explícito, ¡y en la mayoría de ellas ni siquiera necesitas tocar la línea de comandos! Por ejemplo, en el entorno de escritorio KDE Plasma, te aparecerá una notificación en la bandeja del sistema (el círculo con la flecha hacia arriba y un punto azul).
Si haces clic en ella, aparecerá un menú deslizante que muestra todas las actualizaciones que están disponibles para que puedas desplazarte y ver lo que se cambiará. En la parte inferior de ese menú hay un botón grande y amistoso de "Instalar actualizaciones", y al hacer clic en él se pedirá al sistema que se actualice.
Entonces, y sólo entonces, el ordenador descargará e instalará las actualizaciones. En cuanto al reinicio, eso sólo ocurrirá cuando le digas al sistema que se reinicie. Si una de las actualizaciones es el kernel, probablemente deba reiniciar antes de que pase mucho tiempo después de la instalación, o simplemente puede optar por esperar un momento conveniente para instalar las actualizaciones y reiniciar.
Por supuesto, Fedora lanza una nueva versión cada 6 meses aproximadamente, y alrededor de un año después del lanzamiento una versión particular pasa al "final de la vida", lo que significa que ya no recibirá ninguna actualización. Esto significa que al menos una vez al año hay que actualizar el sistema operativo a una nueva versión. Sin embargo, hay versiones de Linux con soporte a largo plazo (LTS), como Kubuntu 16..04.2 LTS, que recibirá actualizaciones de seguridad durante tres años después del lanzamiento si no quiere lidiar con la molestia de actualizar a una nueva versión principal con más frecuencia.