Si estáis ejecutando Android Marshmallow y os sale el error de superposición de pantalla detectada cuando queréis cambiar el permiso de una app, puede ser bastante frustrante, a mí desde luego me pasó...
El problema es que aunque fui a los Ajustes Avanzados de la App y desactivé todas las superposiciones de pantalla (Id a "Ajustes/Apps/#bajo el botón de menú#Dibujar sobre otras Apps" si aún no lo habéis probado) mi teléfono me seguía dando el error.
Después de mucho tiempo y muchas pistas y errores (y un restablecimiento de fábrica, que funcionó, pero el problema volvió a ocurrir en otro dispositivo), finalmente descubrí que era una app que estaba usando en ambos dispositivos. Aunque desactives su permiso "Draw over other apps", sigue estropeando el sistema.
Después de Forzar la Parada de la app en Ajustes, todo fue bien, aunque no pude'encontrar esta solución online, en ningún sitio.
Por lo tanto, si tienes el mismo problema que yo, tienes que Forzar la Parada o Desinstalar todas las apps que hayas instalado/actualizado recientemente y que puedan causar el problema.
Personalmente creo que es un Bug de Android 6 Marshmallow ya que no tengo el mismo problema después de que el dispositivo se actualizara a Android 7 Nougat.
Espero que esto ayude, pero si todo lo demás falla, un Factory Reset es quizás tu última esperanza...