No estoy seguro de a qué te refieres con "no confiables" - A menos que estés instalando aplicaciones de terceros en un iPhone con jailbreak, entonces todas las aplicaciones son confiables y aprobadas por Apple durante su presentación en la App Store. Así que abordaré tus preguntas una por una:
1. ¿Pueden robar datos? - No, no es posible.
2. ¿Pueden ejecutar servicios en segundo plano tras su eliminación? - Nada de lo que obtengas a través de la app-store puede dejar nada en segundo plano después de que hayas eliminado la aplicación.
3. ¿Pueden infectar una copia de seguridad de iCloud? - No sé a qué te refieres con infectar, pero no, no pueden acceder a ningún dato fuera de la propia área de sandbox de la aplicación en iCloud a menos que les des un permiso específico.
Si estás hablando de aplicaciones en un teléfono con jailbreak, entonces la respuesta es SÍ a tus 3 preguntas. Esta es la razón por la que hacer jailbreak a iOS es una mala idea desde el punto de vista de la seguridad. No hay ninguna auditoría de lo que hacen las aplicaciones y se les da acceso a la funcionalidad del nivel del sistema. Esto significa que pueden hacer todo tipo de daño y sí, incluso robar sus datos.