Los sistemas Linux y Windows pueden compartir archivos a través de la red con Samba, que utiliza el protocolo SMB/CIFS para ofrecer y conectarse a los recursos compartidos de grupo de Windows. Esto es adecuado para pequeñas oficinas y redes domésticas con sistemas Linux y Windows.
Linux puede integrarse en una red Windows utilizando Active Directory, para las cuentas de usuario y la autenticación, ya que Active Directory utiliza LDAP y Kerberos, que son protocolos desarrollados originalmente en Unix. La integración de AD requiere una estrecha coordinación entre los administradores de AD de Windows y los administradores de Unix para sincronizar los nombres de usuario, UIDs y GIDs de Unix con los nombres de usuario y SIDs de Windows.
Linux puede proporcionar aplicaciones basadas en la web a las que acceden las máquinas Windows. Esto es común en los sistemas de intranet, es decir, servidores web a los que se accede dentro de una LAN.
Los sistemas de almacenamiento conectado a la red (NAS) pueden servir archivos compartidos a Windows, macOS y Linux, utilizando los protocolos SAMBA, NFS, WebDAV, Apple e iSCSI. FreeNAS está basado en FreeBSD.
Linux se utiliza a menudo para proporcionar servicios de DNS, DHCP, Web y correo electrónico en redes heterogéneas con una mezcla de sistemas Linux, Windows y macOS.