Absolutamente, y mucha gente lo ha hecho. El consenso general parece ser que una placa base de metal es una buena idea, sin embargo, por varias razones.
Una de las razones es que mientras las placas base tienen que ser capaces de conectarse a tierra utilizando sólo el cable de tierra que viene del cable de alimentación, la redundancia no hace daño. Por supuesto, si quieres conectar a tierra la placa base en una caja de madera, tendrás que llevar algo conductor al suelo o al exterior de tu fuente de alimentación.
Otra razón es la facilidad de construcción. Las tolerancias para atornillar una placa base en su lugar son bastante ajustadas si quieres evitar que se mueva, y es mucho más fácil que una fábrica lo haga por ti si tienes una caja de sacrificio por ahí.
La tercera razón es la estabilidad. La madera es porosa y tiende a expandirse y contraerse debido a la mustura y la temperatura. Mientras que el metal hace esto hasta cierto punto, el efecto es mucho más pronunciado en la madera. Aunque no parece que esto vaya a romper su placa base, es algo que hay que tener en cuenta.
Otra cosa a tener en cuenta para una caja de madera es el ruido estático. El ruido electrostático puede penetrar fácilmente en una caja de madera, causando una calidad de audio reducida en los puertos de auriculares delanteros de las placas base más baratas. Si bien esto no es un gran problema (o incluso necesariamente perceptible en algunos entornos) a menos que esté realmente en el audio, la construcción de una simple jaula de Faraday (básicamente una red conductora conectada a tierra) alrededor del interior de la caja resuelve el problema, es cierto que con un presupuesto ligeramente mayor.