Se puede absolutamente, y Apple lo apoya. No sé a qué se refieren los otros contestadores.
Tengo varias apps que mis clientes utilizan como herramientas internas para sus fuerzas de ventas o técnicos. Nunca fueron pensadas para ser lanzadas en la App Store. Se ponen en los dispositivos de los usuarios a través de una plataforma MDM (eso es "Mobile Device Management"), en la que se registra un dispositivo, y que obtiene privilegios de administrador en sus dispositivos "gestionados", incluyendo la capacidad de instalar apps. La que he visto usar a la gente se llama Air Watch, y está bien. Y hay varios otros en el mercado que también estarían bien.
Esto se llama Distribución Empresarial, y es una forma completamente legítima de distribuir aplicaciones fuera de la tienda de aplicaciones.
También podrías usar algo como Test Flight o Crashlytics Beta para distribuir aplicaciones a los usuarios de una manera individual. De nuevo, nada en su acuerdo con Apple impide o desaconseja eso, aunque hay algunas razones técnicas por las que eso no es tan bueno como usar un MDM.