Para mí, hay tres cuestiones principales.
- Microsoft siempre asume que sabe más. Por supuesto, me refiero a la alimentación forzada de actualizaciones en Windows 10. Hago experimentos largos en mi máquina (varios días), y necesito que mi SO sea estable y consistente en todo momento. Eso significa que no hay actualizaciones y, sobre todo, no hay reinicios automáticos, incluso si no estoy en el ordenador para ver la cuenta atrás. Esto no es posible en las ediciones de consumo de Windows 10. Sí, la edición Enterprise soporta la desactivación de la alimentación forzada, pero esto es 2016. Incluso los sistemas operativos de nivel básico deberían soportar no reiniciar espontáneamente. La gente SÍ hace trabajo importante en casa, y no debería tener que pagar más sólo por un SO que no se reinicie espontáneamente y te haga perder el trabajo.
- La línea de comandos. PowerShell es mejor que CMD, pero no hay un ecosistema de programas de línea de comandos en Windows. La línea de comandos permite una automatización mucho más flexible, y si sabes un poco de scripting en Linux, puedes escribir fácilmente un script que descargue la imagen del día de National Geographics cada día, recorte el logo, lo escale y lo ponga como fondo de pantalla. Este fue uno de los primeros scripts que escribí.
- Repositorio de paquetes. Puedo instalar todos los programas que necesito en un solo comando, y el sistema mantendrá todo actualizado (cuando ejecute "apt-get update" y "apt-get upgrade", ¡no cuando le dé la gana!). Cuando usaba Windows, instalar todos los programas que necesito me llevaba 2-3 horas, y acababa con programas que no se actualizaban automáticamente (si no les permitía ejecutar actualizadores en segundo plano), o con un sistema que ejecutaba 10 actualizadores diferentes en segundo plano al iniciarse.
A diferencia de lo que una de las respuestas podría hacer creer, no hay que ser un fanático para preferir Linux. Hay bastantes razones prácticas para preferir Linux, y bastantes más si resulta ser un programador o un informático (la respuesta de Matthew Lai a ¿Qué hace que Windows sea un "mal" sistema operativo? ¿Por qué el mundo de la informática te obliga a usar GNU/Linux?