En mi opinión, la ingeniería de software es una de varias áreas en el extremo aplicado de la ciencia de la computación, por lo que la comparación de los dos sale un poco como la comparación de las zanahorias a las verduras - es una instancia específica frente a una clasificación más general. Eso es obviamente una restricción de alcance, pero debido a su relación, llamar a uno mejor que el otro no tiene sentido sin más información sobre lo que comparar.
Tratando de imaginar cómo esta pregunta puede surgir, sin embargo, me atrevería a adivinar que se trata de elegir algo para especializarse, con "ingeniería de software" y "ciencias de la computación" siendo utilizados como nombres para las opciones que se excluyen entre sí.
Sin pretender ser el árbitro final de cómo deben llamarse las cosas, al menos puedo decir que he visto distinciones similares para separar
- enfocarse en la construcción de software como una parte dentro de sistemas mayores que tienen un contexto de aplicación particular (puede obtener la etiqueta SE)
- enfocarse en los fundamentos y principios de cómo funcionan los ordenadores y los programas, independientemente de sus usos (puede obtener la etiqueta CS)
Lo que supone la diferencia exacta puede variar mucho según quién lo decida; Estoy seguro de que muchos no estarán de acuerdo con la distinción anterior, también. Si tienes que elegir una u otra, te sugeriría que dejaras de lado cómo se llaman tus opciones, que intentaras averiguar para qué tipo de trabajo te pueden capacitar y que te adaptaras teniendo en cuenta tus intereses/oportunidades/limitaciones, en lugar de elegir una de entre dos titulares muy generales.
Me encantaría ser más específico, pero a nivel de resumen de una palabra, sólo tengo la experiencia de tener un título que dice 'ingeniería' y otro que dice 'ciencia', sin embargo ambos eran una mezcla de partes prácticas y teóricas. Para agravar la confusión, algunos sostienen que el desarrollo de software no es una disciplina de ingeniería, otros que la informática no es una ciencia. Yo discrepo respetuosamente de ambos argumentos, pero en términos generales, parece que el jurado aún no ha decidido qué nombres deben tener las cosas. "Hacer que los ordenadores hagan cosas" es un campo joven, así que quizás el vocabulario tendrá que ser así durante un tiempo todavía.
Mientras tanto, creo que lo más seguro es partir de lo que se quiere hacer con los ordenadores, e ir tras ello sin hacer demasiado hincapié en cuál es el nombre más elegante para ello.