Macbook Pro Retina, sin duda. Sólo mirando las especificaciones podrían parecer comparables, ambos i5 (i7). Pero no son la misma CPU.
El Air no se queda atrás, eso está claro. Pero el Macbook Pro es más rápido donde cuenta, IO y CPU. Puedes tener más memoria y la memoria es tu mejor amiga, sobre todo para hacer programación nativa, C/C++/ObjC/Swift. Xcode es genial pero consume mucha memoria y una vez que lanzas Photoshop se acaban tus 8 GB y tu máquina funciona como un coche con el freno de mano puesto. Entonces es el punto del monitor. La pantalla retina es mucho mejor que ni siquiera es una opción para mí para no ir retina. Antes de tener una pantalla retina no me gustaba, no le veía ninguna utilidad y demás. Pero al sentarme delante de la pantalla durante horas y horas, es puro placer trabajar con la pantalla retina.
También puedes poner la res de la pantalla mucho más alta y tienes más espacio para trabajar.
La duración de la batería es menor, pero sólo unas horas, ca 2. Yo trabajé en un MBP 13" i5, 8GB durante 10 horas en una sola carga, así que la hora o las dos horas extra no calificarían para conseguir un monitor peor.
Pero si tu pregunta era si el Air de 13" es utilizable para desarrollo, la respuesta es un claro sí. Sí puedes usar uno, y te gustará, te encantará incluso. Pero el Pro es mejor, pero además, el MBP retina de 15" es el mejor portátil que puedes conseguir, y punto. No necesitas el mejor. El Air de 13" te irá bien. Solo no optes por el modelo de 4GB, solo llorarás. 8GB es el mínimo absoluto.