La mayoría de los sistemas operativos basados en GNU/Linux lo hacen siempre y cuando sea capaz de ejecutar una máquina virtual o emulador (y el host tenga soporte de 64 bits para que funcione y/o se ejecute). Si hay un programa específico de Windows que desea ejecutar, yo reuniría una lista de requisitos de lo que se necesita para ejecutar esos programas, a continuación, verificar si el host de uno puede acomodar los recursos necesarios para ejecutar un emulador como WINE o plataforma de virtualización como QEMU, VirtualBox, o VMWare.
Cuando se utiliza WINE, utilice su AppDB para verificar lo bien que la aplicación es compatible, a continuación, verificar la versión específica de WINE está disponible para el sistema operativo, ya que uno tendrá que construirlo por sí mismo.
Con respecto a las opciones de virtualización, visite el sitio de dichas plataformas de virtualización y asegúrese de que el paquete existe y que el kernel y otras dependencias se cumplen para la versión del producto de virtualización se cumple o que puede ser un problema (esto es específicamente importante para los sistemas operativos Linux de lanzamiento rodante como Arch y Gentoo).
Lo más importante, si usted está realmente queriendo ejecutar programas de Windows, tal vez considerar la ejecución de Windows de forma nativa y la utilización de Linux en una máquina virtual. Realmente no puedo determinar tus necesidades o requerimientos ya que esta pregunta es un poco vaga. (¿Qué programas de Windows? ¿Qué sistemas operativos de Linux?)