La física es bastante fácil de entender, es tangible. Se puede ver, tocar, trazar. Es el medio físico entre dos puntos, pero también incluye una red más grande: todos los nodos, como los conmutadores y los enrutadores entre dos puntos cualesquiera.
La lógica es más un concepto abstracto, la organización (topología) de la red. Es suave (configuración de software), no tangible. Una pequeña lista de muchos ejemplos posibles puede ser: VLAN (redes LAN virtuales) - Separación de la capa 2 de OSI, subredes IP - Separación de la capa 3 de OSI, tecnologías de túnel/VPN... GRE, MPLS/VPLS, etc. Los sistemas autónomos, dispositivos agrupados por dominios comunes de gestión o enrutamiento, también son lógicos. No es posible verlos físicamente, hay que deducirlo mirando las configuraciones de software/software. Piensa en lo virtual; incluso los circuitos de datos son más virtuales que nunca... multiplexación, DWDM.
As is usually the case, Wikipedia has a better definition than my answer really provides: Network topology