El archivo EXE contiene el código del extractor WinRAR. Eso es lo que se ejecuta cuando usted "abre" el archivo EXE. Por lo tanto, incluso si usted nunca tuvo WinRAR instalado en absoluto, el código dentro del EXE se va a ejecutar cuando se hace doble clic en él.
Es la razón misma de los archivos autoextraíbles como los archivos EXE de WinRAR. Es decir, para que alguien que lo reciba no necesite tener WinRAR, o algún otro programa capaz de meterse dentro de ellos.
Para deshacerse de este código, hay que eliminarlo de ese archivo EXE. Puedes hacerlo extrayendo el contenido y volviéndolo a hacer en un archivo RAR en su lugar. Dentro de estos sólo contienen los datos comprimidos, ninguna parte ejecutable se combina con el archivo RAR.
BTW, ¿cuál es la razón por la que deseas que estos archivos EXE no se extraigan por defecto? Pretendías hacer imposible (o más difícil) que otros accedieran a su contenido? Hay otras maneras de hacer esto en su lugar. Por ejemplo, poner una contraseña en el RAR o en el EXE y encriptarlo, lo que significa que cualquiera que quiera acceder al contenido tiene que introducir la contraseña correcta primero.