Creo que es demasiado pronto para saber quién podría aceptar Apple Pay para los pagos, aparte de Apple, por supuesto. Aunque hay que tener en cuenta que Amazon ni siquiera acepta Paypal que es un sistema de pago mucho más establecido y maduro que Apple Pay. Sin embargo, está garantizado que los lugares que ya tienen sus propios sistemas de pago como Amazon, siempre tendrán el prejuicio de usar su propio sistema en lugar de aceptar Apple Pay. Lo que es probable es que, al igual que con Paypal, tengas que comprar tarjetas de regalo de Amazon a través de Paypal (y posiblemente de Apple Pay) y luego aplicar las tarjetas a tu cuenta de Amazon para comprar cosas en Amazon. Sin embargo, si las cosas se mantienen constantes... al igual que Paypal, es posible que Amazon nunca acepte Apple Pay.
Apple tendrá que mostrar algo impresionante y único de su sistema de pago sobre, por ejemplo, Square para conseguir que los comerciantes lo acepten y adopten y los consumidores lo adopten. Por ahora, estoy en modo de esperar y ver. A menos que Apple Pay sea sustancialmente más fácil y/o más seguro que el uso de una tarjeta, no estoy necesariamente inclinado a usarlo (aparte de tal vez al comprar en la tienda de Apple... que rara vez lo hago).
Dado que usted ha aclarado su pregunta para incluir las aplicaciones iOS de Amazon y los sitios móviles, también voy a aclarar esta respuesta. Todavía no está claro si aceptar Apple Pay dentro de una aplicación de iOS constituye un pago "in-app". La razón por la que Amazon decidió no utilizar los pagos dentro de sus aplicaciones iOS (por ejemplo, la aplicación Kindle) es debido a la tasa de transacción del 30% de Apple necesaria para utilizar el sistema de pago dentro de la aplicación. Es probable que Apple Pay tenga una estructura de tarifas similar. Como resultado, ninguna de las aplicaciones de Amazon para iOS ofrece actualmente pagos dentro de la aplicación para las compras de Amazon. Hay que visitar un sitio de Amazon y comprar directamente en ese sitio de Amazon. Las aplicaciones pueden entonces descargar y utilizar el contenido que has pagado fuera de la aplicación. Es muy dudoso que esta estructura de tarifas cambie mucho al utilizar Apple Pay. Así que, a no ser que Apple decida eliminar el cobro del 30% de cada compra in-app (no es probable), es muy probable que Amazon siga utilizando sus propios sistemas de pago fuera de sus apps de iOS para evitar ese cobro.