Por lo general, lo que hay en una carpeta temporal es simplemente basura. Por lo general, se acumula porque algunos programas no los eliminan después de que se han completado. Otras cosas como los archivos de instalación/actualización sobrantes es una situación similar, aunque probablemente también en una carpeta temporal (ten en cuenta que cosas como las actualizaciones de Windows tienden a residir en subcarpetas bajo la carpeta System).
Por lo general hay algunas herramientas que puedes utilizar para encontrar estos archivos. A veces el propio sistema operativo ya incluye dicha herramienta. Por ejemplo, en Windows debe tener una herramienta de limpieza de disco - que tiende a buscar a través de estas carpetas y la lista de tales archivos que ya no son necesarios, lo que le permite eliminarlos. Si quieres búsquedas aún más exhaustivas, consigue una herramienta de terceros como CCleaner.
Pero eso no es todo lo que pueden ser archivos basura. Qué pasa con las descargas y los documentos que creaste hace tiempo. Puedes recordar la razón por la que siguen guardados en algún lugar? ¿Quieres seguir teniéndolos ahí? Suelo utilizar el explorador de archivos y clasificarlos según la fecha de acceso para ver cuáles de ellos no he tocado en meses. Estos son los principales candidatos a ser trasladados a una unidad de archivo o a un servidor, o incluso a ser eliminados si sé que ya no son útiles. No hay necesidad de conservar cosas que sólo ocupan mi disco si ni siquiera las he abierto en un año. Si no puedo asegurar que los vuelva a necesitar, en los archivos de saltos.
Así que sí, hay algo de basura del "sistema" que puedes eliminar fácilmente. Pero he descubierto que esa última idea (los viejos archivos difuntos de los que casi te olvidas) suele ser mucho más que los pocos archivos temporales y las actualizaciones del sistema.
Lo siguiente son los programas reales. De forma similar a la idea de encontrar archivos antiguos, deberías ser capaz de listar cuándo fue la última vez que ejecutaste algún programa. Lo que debería darte una indicación de si incluso lo necesitas ahí sentado, ocupando espacio en el disco. Esto también tiende a limpiar aún más que esas carpetas temporales. Los viejos programas inútiles tienden a acumularse a lo largo de los años y llenan los discos en gran medida. Así que definitivamente recomendaría que revises periódicamente estos también.