Cuál es el mejor software gratuito de optimización de PC?

No te va a gustar la respuesta, pero sinceramente eres tú mismo. No dejes que ningún programa se acerque a tu registro: o bien borrará algo importante y hará que tu PC deje de funcionar correctamente o bien estropeará las cosas de alguna otra manera.

Desinstala los programas que no uses, utiliza Malwarebytes o algún otro buen software antivirus/antiadware/antiPUP para limpiar todo lo que no hayas instalado explícitamente, y simplemente utiliza la limpieza de disco de serie.

Si quieres acelerar tu PC y reducir los procesos en segundo plano, utiliza el msconfig (desde el prompt de ejecución) en cualquier windows 8.1 o anterior, y una pestaña dentro del administrador de tareas en el 10 para deshabilitar cosas que no necesitas que se ejecuten en el arranque.

Cuanto menos confíes a programas de terceros cuando se trata de las tripas de tu sistema operativo, mejor. Sólo tienes que leer un poco sobre lo que puedes y no puedes eliminar/desactivar y deberías ser capaz de hacerlo tú mismo sin el impacto en el rendimiento de instalar otro programa más que se encargue de ello por ti.