Cisco IOS (originalmente Internetwork Operating System) es una familia de software utilizada en la mayoría de los routers de Cisco Systems y en los actuales conmutadores de red de Cisco.
IOS XE es un tren de Cisco Systems' ampliamente desplegado Internetworking Operating System (IOS), introducido con la serie ASR 1000.
¿Cuál es la diferencia?
Aquí está la respuesta de Wikipedia.
IOS vs. IOS XE:
1. Cisco IOS es un sistema operativo monolítico que se ejecuta directamente en el hardware mientras que IOS XE es una combinación de un kernel de linux y una aplicación (monolítica) (IOSd) que se ejecuta sobre este kernel.
2. IOS XR está basado en QNX (desde la versión 5.0 también está basado en linux) donde la aplicación IOSd se ha separado en muchas aplicaciones diferentes. Mientras que IOS XE (IOSd) e IOS comparten gran parte del mismo código, IOS XR es una base de código completamente diferente.
3. Desde que IOS XE tiene IOSd corriendo como una aplicación encima de linux, se hace posible también ejecutar diferentes aplicaciones en el hardware, un buen ejemplo de esto es ejecutar Wireshark en un switch. Otro ejemplo es el Cisco IOS XE Open Service Containers.
Fuente:
Cisco IOS - Wikipedia
https://en.wikipedia.org/wiki/Cisco_IOS_XE