Omitiendo SuperDuper, simplemente porque no estoy familiarizado con él...
Carbon Copy Cloner y Time Machine sirven para diferentes propósitos.
Time Machine mantiene de forma casi invisible tu copia de seguridad actualizada y te permite escoger cualquier versión que aún tenga de cualquier archivo. Es útil para corregir guardados y borrados accidentales, así como para recuperar todo el disco... pero esto último lleva horas, durante las cuales tu Mac queda inutilizado.
Carbon Copy Cloner es genial para duplicar todo el disco tal cual. Es un proceso largo, pero que haces cuando te conviene. Cuando tu disco falla, puedes arrancar desde su clon inmediatamente. Pero no es tan bueno cuando sólo necesitas una versión anterior de un archivo o dos, y la actualización de tu copia de seguridad va a ocurrir con menos frecuencia.
Lo mejor sería utilizar ambos. Si terminas usando el disco que hiciste con CCC, puedes seguir añadiendo a él cualquier cosa más nueva que TM haya recogido.
Ahora vendrá alguien que haya usado los tres y dará una respuesta mucho mejor y más completa, pero esto es al menos un comienzo.