OK, estás preguntando un tema un poco difícil.
After Effects es Efectos para vídeo y un programa que haga algo parecido a lo que hace After Effects te va a costar dinero.
Aquí tienes una lista y alguna descripción de algunos programas de edición de vídeo para Windows.
Los 10 mejores programas gratuitos de edición de vídeo para Windows 2017
En cuanto a la sustitución de Adobe Illustrator, Inkscape es uno de los más conocidos.
Dibuja libremente | Inkscape
En este punto, simplemente necesitas encontrar un programa de edición de vídeo que haga los "Efectos Especiales" que deseas con la capacidad de importar imágenes vectoriales desde Inkscape.
Pago por la Suite CC de Adobe y a 50 dólares al mes 600 dólares al año, uso Adobe After Effects, Illustrator, Photoshop, InDesign, Premiere Pro, Acrobat, Muse, Character Creator.... ¡un tipo de OFERTA cuando piensas en el TIEMPO que AHORRO! Esto es más o menos la mitad del paquete de Suite CC.
Todos estos programas trabajan juntos, todos tienen interfaces similares por lo que pasar de un programa a otro NO es un dolor de cabeza.
Así que lo gratis está bien, pero yo trabajo en la industria, necesito usar los programas que ellos usan.
¡Mi tiempo también es valioso para MÍ! ¡Puedo encontrar tutoriales, grupos, plugins, acciones, pinceles, hojas de estilos, arte pre-hecho en todas partes! Eso ahorra mucho tiempo.
¿Si el tiempo es dinero?