En caso de duda, GPT. Aunque realmente, la instalación de Windows se encarga de esto por ti y probablemente nunca necesites ni siquiera saber qué se usa.
Windows se puede instalar en ambos por igual, a él tales consideraciones no le importan un ápice. La unidad seguiría llamándose C:, los archivos seguirían estando exactamente en la misma estructura de carpetas usando el mismo sistema de archivos NTFS. Su cargador de arranque seguiría estando colocado de forma que el firmware de la placa base pudiera encontrarlo y empezar a ejecutarlo cuando se encendiera. De cualquier manera, sea la tabla de particiones de la unidad almacenada en el estándar MBR o el GPT.
Donde importa es en el hardware. Esa placa base podría forzarte a usar GPT si quieres usar su opción de arranque UEFI/Seguro. No todas lo hacen, pero hay algunas. Si no, puede que tengas que activar su modo de legado de la BIOS para poder arrancar desde una unidad MBR.
También MBR es un poco restrictivo. Sólo permite 4 particiones primarias. Puede dividir una de ellas en particiones lógicas extendidas, y arrancar en MBR significa que el programa de arranque tiene que estar ubicado en un lugar específico - no puede estar en cualquier partición. GPT permite varias 100 particiones, todas ellas primarias, y permite que cualquiera sea de arranque.
Más importante aún, muchos dispositivos de hardware (incluyendo algunas placas base) son incompatibles con las unidades MBR si son mayores de 2TB. De hecho, es una de las principales razones por las que GPT se ha hecho popular más recientemente, ya que maneja unidades mucho más grandes con mucha más facilidad - y significa que la unidad funcionaría en cualquier cosa capaz de manejar GPT. Cuando MBR es un poco de una cosa de golpe y mis, usted puede tener una máquina de trabajo perfectamente bien con un disco duro de 4TB como MBR, y luego el siguiente simplemente no reconoce ninguna partición en él.