Buena pregunta
Es difícil exagerar el gran salto que supuso el iPad Mini 2 respecto al iPad Mini original. El iPad Mini original salió en 2012 más o menos al mismo tiempo que el iPad 4. Sin embargo, tenía las tripas del iPad 2. El iPad 4 tenía un chip A6X y el iPad 3 tenía el chip A5X. El iPad 2 y el iPad Mini tenían el A5. Era un chip decente para su época, pero era lamentablemente poco potente. Aun así, sorprendentemente, el A5 corría iOS 9 bastante bien, especialmente las versiones posteriores.
El iPad Mini 2 dio un salto masivo en cuanto a chip. Con el chip de la serie A7, era esencialmente el iPad Air en una forma más pequeña (con el procesador ligeramente underclocked) pero con una pantalla más pequeña. El mayor PPI significaba que era una pequeña potencia. Teniendo en cuenta el ciclo de vida de iOS para los dispositivos, no hay duda de que los dispositivos de la generación A7 pueden y deben ejecutar iOS 10 sin problemas.
Podría ser prudente esperar a iOS 10.1 antes de actualizar para dejar que cualquier error se solucione, pero actualizar el iPad Mini 2 (y cualquier otro dispositivo A7) a iOS 10 es muy recomendable.