No hay archivos ocultos desde el prompt del shell en la Terminal.
Un gran número de archivos están ocultos desde el Finder, y esto es generalmente por una muy buena razón.
La bandera uchg no oculta archivos, hace que un archivo se bloquee para que no pueda ser cambiado o eliminado.
La bandera opaque no oculta archivos, controla algo que tiene que ver con los montajes de unión en macOS, algo que ni siquiera sé si está soportado y que nunca he tenido motivo para usar en 17 años de administrar Mac OS X/macOS.
La bandera oculta oculta los archivos del Finder, pero no del Terminal.
Los archivos que tienen su nombre empezando por un . (por ejemplo, .DS_Store) están ocultos del Finder y por defecto no aparecen en un listado de directorios con ls, pero sí aparecen con ls -a o ls -A.
Parece que te molesta que este ordenador por el que has pagado dinero te oculte cosas. Hay buenas decisiones de diseño que se han tomado para que se comporte como lo hace, y ocultar ciertos archivos a los usuarios novatos es una forma de mantener la estabilidad de su sistema.
Es molesto a veces que la carpeta Biblioteca del usuario esté oculta, pero he visto a usuarios no técnicos entrar y "ordenar" sus carpetas de inicio, borrando o reordenando el contenido de la carpeta Biblioteca porque no sabían lo que era. No hace falta decir que esto fue una Very Bad Thing™.
He visto a gente cambiar los permisos de /private porque lo vieron en el Finder después de mostrar los archivos ocultos. He visto a gente hacer todo tipo de cosas porque habilitaron los archivos ocultos en el Finder y luego no sabían lo que estaban haciendo y rompieron algo con lo que no deberían haber estado jugando.
Puede que sepas lo que estás haciendo, en cuyo caso eres capaz de buscar cómo mostrar archivos ocultos (o leer algunas de las otras respuestas aquí). Sólo diré que en todo el tiempo que llevo usando Mac OS X y macOS, nunca he tenido la necesidad de ver los archivos ocultos en el Finder. Puedes ir a la carpeta oculta Biblioteca en tu carpeta de inicio yendo al menú Ir y manteniendo pulsada la tecla Opción para mostrar la Biblioteca, o simplemente yendo a Ir > Ir a la carpeta y escribiendo ~/Biblioteca. Si estoy haciendo cualquier otra cosa que necesite trabajar con archivos ocultos, estoy en la Terminal.