Probablemente el ventilador no está controlado por windows o linux. Probablemente esté controlado por el termostato. Lo que ocurre, voy a suponer, es que Windows hace un uso mucho más intensivo de la CPU y ésta consume más energía y se calienta por ejecutar más ciclos o más rápido. La velocidad del ventilador aumenta para compensar la carga de calor extra.
Esa es mi hipótesis de por qué ves ese comportamiento!
Es para proteger tu CPU. aquí es cómo puedes confirmar que estoy en lo cierto:
Si la temperatura se mantiene igual cuando el ventilador funciona más rápido y ejecuta windows, entonces la energía se está disipando, de lo contrario, si la misma potencia se utilizó y el ventilador funcionó más rápido entonces la temperatura sería menor!
Si la velocidad del ventilador sube y la temperatura sigue subiendo con windows, entonces sigo teniendo razón... el ventilador simplemente está trabajando al máximo y no puede enfriar la CPU del todo. Pero el aumento de temperatura con windows te está diciendo que windows lo hace trabajar más que Linux.
Asegúrate de que todo lo demás es igual... temperatura ambiente constante y rejillas de ventilación desbloqueadas.