Aunque Android utiliza el kernel de linux y linux puede leer NTFS, NTFS es tecnología propietaria de Microsoft y ninguna de las soluciones de código abierto son muy buenas para implementarlo (y probablemente están sujetas a patentes por lo que no se incluyen en otro dispositivo comercial).
Android implementa los sistemas de archivos FAT y EXT. El mejor sistema de archivos será probablemente EXT4 pero sólo podrá leerlo en otras máquinas Linux. Aunque no he comprobado si android montará una tarjeta SD con formato EXT.
Sé que el almacenamiento adoptable en marshmallow utiliza un sistema de archivos ext4 encriptado. Así que eso funciona.
Hace tiempo particioné mi tarjeta sd en un sistema de archivos ext2 de 2 gigas y luego en una partición fat de 30 gigas y hackeé la secuencia de arranque para montar el sistema de archivos ext2 para que las aplicaciones se instalaran allí, el dispositivo (htc desire original) sólo tenía alrededor de 1 giga de almacenamiento interno para aplicaciones, antes de poder migrar las apps a la tarjeta sd. Además esto era mejor que la migración de aplicaciones a la SD porque incluso las apps que decían que no podían funcionar en la tarjeta SD se instalaban allí.