¿Con System te refieres a System32?
A menos que sepas lo que estás haciendo, esto no debería hacerse nunca. System32 tiene que estar intacto y con el nombre correcto para que Windows cargue correctamente. Está constantemente en uso a no ser que arranques en un entorno prebiótico como un disco de instalación de Windows/USB.
Dicho esto, ya que quieres resetear el PC estoy asumiendo que no necesitas hacer una copia de seguridad de tus documentos ni de nada o que tus datos ya han sido respaldados.
La función de reseteo de Windows 10 suele hacer el truco pero a veces se rompe hasta el punto de no resetear el PC. Tu mejor opción es buscar tu clave de producto de Windows 10 (puedes usar Produkey de Nirsoft), crear medios de instalación de Windows 10. Haz una búsqueda en Google. Yo prefiero Rufus para la creación real de los medios (USB).
Accede al medio y procede a instalar Windows.
Ten en cuenta que al hacer esto se borrarán todos tus datos. Asegúrate de que si tienes algún dato que necesites/quieras, esté respaldado en una unidad separada. Ya sea un disco físico que compres o que esté respaldado en la Nube (Google Drive/Dropbox/Carbonite/etc)