Hay muchas posibilidades que podrían causar esto. Mi primer pensamiento sería cambiar a la RAM virtual en la unidad ya que estás usando más RAM de la que tienes - aunque por los comentarios parece que este no es el caso. Si es así, entonces: Cualquiera de las siguientes cosas podría estar causando esto.
El problema habitual es algún proceso en segundo plano acaparando el sistema, el más notable de ellos es algo como un escaneo AV, pero muchos otros podrían hacer algo similar a intervalos periódicos.
Alternativamente, un problema de controladores (especialmente cosas para dispositivos IO), o incluso alguna parte del sistema operativo (e.Por ejemplo, el programador de procesos) podría ser el culpable.
El programa en sí puede estar escrito de tal manera que hace cálculos o lee/escribe en algún dispositivo IO (unidad, red, puerto serie/paralelo/usb/etc.) en el mismo hilo que utiliza para actualizar su pantalla GUI / procesar eventos GUI. Así que mientras está haciendo otra cosa puede no ser capaz de reaccionar a los clics del ratón (u otras interacciones). Incluso podría estar mal escrito utilizando algún bucle forzado para comprobar si los datos han llegado en lugar de confiar en algún tipo de interrupción - es decir, ejecutando la CPU a toda máquina sólo para comprobar si los datos se han recibido.
La configuración de algo como el Registro de Windows puede estar apuntando a archivos inexistentes. Esto sucede a menudo debido a que las desinstalaciones no se limpian correctamente. Tratar de encontrar un archivo que no existe podría llevar bastante tiempo, ya que se buscan todas las rutas (enumeradas en la variable PATH).
Incluso algo como el sistema de archivos de la unidad puede haberse corrompido y está utilizando su prevención de errores para leer desde un lugar diferente cuando se da cuenta de que la paridad / hash no coincide con los datos.
Las anteriores serían las posibilidades desde el punto de vista del software, a continuación es desde el hardware.
No menciona su configuración de hardware. Esto es algo que se tiende a ver en una máquina de un solo núcleo (es decir, cuando el sistema operativo o cualquier proceso de fondo se está ejecutando, nada más puede ejecutarse durante esos pocos segundos o fracciones de segundos).
También, el HW puede estar sobrecalentado. Tal vez los ventiladores / disipadores de calor son sólo sucio. La mayoría de las cosas, como las CPU, tienen una función de seguridad que las ralentiza (o incluso las detiene) si superan una temperatura determinada.
También podría haber un fallo en algún componente. Por ejemplo, su memoria RAM puede estar defectuosa y las correcciones de errores intentan y reintentan hasta que consiguen que funcione. O una unidad / controlador podría tener problemas.
Incluso algo como una conexión suelta podría estar causando problemas periódicos, ya que una ligera vibración podría hacer que la conexión se caiga y vuelva a conectarse más tarde.
La fuente de alimentación podría estar dando muy poca potencia a todos los componentes. Lo que significa que mientras su CPU está funcionando a toda máquina (o los gráficos) no hay suficiente energía para que la unidad lea/escriba.
Probablemente hay muchas más posibilidades, pero lo anterior es lo principal que se me ocurre ahora. Desgraciadamente la única forma de saberlo con seguridad es ejecutar algún software de análisis para eliminarlas hasta encontrar un problema.