Como se ha mencionado, la mayor diferencia es la portabilidad.
Los ordenadores portátiles están limitados en cuanto a su capacidad de expansión interna. Lo único que se puede ampliar es la memoria RAM y el disco duro (o SSD, según el caso). Internamente, no se pueden actualizar las placas base, las tarjetas gráficas, las CPU o añadir cosas como puertos USB adicionales, etc.
Almacenamiento. Los ordenadores de sobremesa tienen espacio para varios discos duros/SSD internos. Con pocas excepciones, los portátiles están limitados a un HDD/SSD interno
Obtendrá más potencia por dólar con los ordenadores de sobremesa que con los portátiles. Un ordenador de sobremesa costará mucho menos que un portátil con idénticas especificaciones.
Estandarización. Los ordenadores de sobremesa, en su mayoría, utilizan componentes estándar. Todo puede ser reemplazado con piezas de la estantería. Los portátiles, son propietarios. Es decir, si tienes un problema con la placa base, el teclado o la pantalla, prácticamente tienes que ir al fabricante o a un proveedor de piezas para esa marca y modelo para conseguir un reemplazo.
Robo. No hace falta decir que los portátiles son mucho más vulnerables a los robos que los ordenadores de sobremesa.
Dicho esto, para mucha gente, los portátiles se ajustan perfectamente a sus necesidades. Y como se ha mencionado, se puede utilizar esencialmente como un ordenador de sobremesa conectando un monitor externo, un teclado, un ratón, un disco duro USB, etc.
Cada uno tiene sus pros y sus contras.