Se reduce a qué tipo de problemas disfrutas más resolviendo. Además, la biomedicina y la informática se solapan en muchas áreas, por lo que a veces es difícil distinguirlas.
Lo que tiene la biomedicina que no tiene la informática son las características mecánicas y las interacciones con el cuerpo humano (en muchos casos). Así que si te gusta poder ver físicamente el problema que estás tratando de resolver, entonces la biomedicina encajará mejor para ti. Sin embargo, si prefieres desarrollar software, entonces CS es para ti.
Pero también considera que puedes estudiar biomedicina y decidir que quieres que el software sea tu habilidad más fuerte. Creo que BME es el tipo de ingeniería más interdisciplinar, por lo que lo que suele ocurrir es que te convertirás en un experto en todo en tus primeros años en la carrera. Un par de años dentro, tendrás que decidir qué es lo que más te gusta (es decir, software, hardware, mecánica, biología, etc.).
Mi opinión sesgada es que puedes hacer BME y aún así convertirte en CS, ¡pero no es tan cierto para lo contrario! En CS puedes crujir grandes datos y escribir software para dispositivos, así que sí va en ambos sentidos. Pero no aprenderás tanta fisiología y conceptos mecánicos y térmicos relacionados con el cuerpo.